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As definições próprias do Open Annihilation abrem-se com o botão Definições, a roda dentada no canto inferior direito do menu principal, ou com Ctrl+,. Sistema › Os seus ficheiros abre os seus jogos guardados, capturas de ecrã e mods no gestor de ficheiros, e cada definição tem a sua própria entrada documentada.

O botão OA, ao lado, abre a Biblioteca, onde instala e atualiza mods, pacotes de mapas, mutadores e pacotes de idioma e escolhe o mod com que joga. Mudar de mod recarrega os dados do jogo e volta ao menu principal sem fechar o jogo. Abrir um ficheiro .oamod instala o mod que ele contém e muda para esse mod.

Para jogos em rede, qualquer firewall entre os jogadores tem de deixar passar a porta UDP 47624, que os outros computadores usam para encontrar um jogo criado, as portas TCP 2300 a 2400 e as portas UDP 2350 a 2400.

Os jogos guardados, as capturas de ecrã, os filmes, as gravações e os mods ficam em Documentos › Open Annihilation, na pasta Documentos indicada pelo seu ambiente de trabalho (XDG_DOCUMENTS_DIR) ou, na falta dela, em ~/Documents. As definições ficam em ~/.config/open-annihilation, e os registos e a demo extraída em ~/.local/share/open-annihilation. Os botões de pastas das definições usam o xdg-open, do pacote xdg-utils.

Os jogos guardados da versão 0.6 e anteriores passam para Saves/default, e os de um mod para Saves/<id do mod>, no primeiro arranque de uma versão posterior. Nada é substituído, e o menu principal indica quantos foram movidos.

• Para atualizar, descomprima o pacote mais recente e inicie o jogo a partir da pasta dele. As suas definições são mantidas.
• Para remover, elimine a pasta do jogo e, para remover também as definições e os registos, as duas pastas indicadas acima; os jogos guardados e os mods ficam em Documentos. A associação dos ficheiros .oamod fica em ~/.local/share/mime, ~/.local/share/applications e ~/.local/share/icons, com o nome net.coreprime.open-annihilation.